Die Fußballschule des 1. FC Heidenheim 1846 gibt es seit der Saison 2008/2009. Zum ersten Mal konnte man mit der F- und der E-Jugend der Fußballschule in die Bezirkshallenendrunde einziehen.
Die F-Jugend musste sich am Sonntag, 27.01.2013 in den drei Gruppenspielen knapp geschlagen geben und spielte somit um die Plätze 7 – 12. Hier konnte man beide Gruppenspiele gewinnen. Im Spiel um Platz 7 musste man sich mit einem Tor unterschied geschlagen geben und erreichte somit den guten 8 Platz von 143 gestarteten Mannschaften.
Folgende Spieler waren für die F-Jugend im Einsatz:
Kevin Ströhle, Berat Bogazkoey, Marc Garmatter, René Arnold, Denis Milic, Philipp Tabatabai, Maurice Jezek, Maximilian Silobad, Tim Schwegler
Trainer: Daniel Stredak, Achim Imrich
Bei der E-Jugend musste man sich ebenfalls am Sonntag, 27.01.2013 gleich im ersten Gruppenspiel geschlagen geben. Danach fand die Mannschaft ihren Rhythmus und konnte die beiden anderen Gruppenspiele für sich entscheiden. Somit reichte eine knappe Niederlage im folgenden Spiel um ins Finale einzuziehen. Gegen einen starken Gegner aus Hofherrnweiler musste man sich leider deutlich im Finale geschlagen geben.
Folgende Spieler waren für die E-Jugend im Einsatz:
Darius Tabatabai, Danilo Oblak, Matteo Gammaro, Jonas Grimminger, Bastian Matuschek, Fabian Matuschek, Niklas Surace, Mike Bordiehn, Guilherme Guimaraes
Trainer: Dietmar Grimminger, Daniel Surace, Dejan Oblak